Jaguar er en stor kat og det eneste medlem af Panthera-slægten, der findes i Amerika. Jaguarens pels er normalt gulbrun, men kan også være rødbrun på det meste af kroppen. De ventrale områder er hvide. Der findes også sorte jaguarer, og de kan skyldes leopardforfædre eller melanisme. Melanistiske jaguarer er uformelt kendt som sorte pantere
Jaguarer er kompakte og godt muskuløse. De har et bredt hoved og en kraftig kæbe. De bliver 1,2-1,8 m lange, med en hale på 51-89 cm og vejer op til 113 kg. Hunnerne har tendens til at være mindre end hannerne. Jaguarer har det stærkeste bid af alle store katte i forhold til deres størrelse
Forbenene er kortere end bagbenene, hvilket giver den et krumt udseende, når den går eller løber i høj fart på land; den kan dog springe store afstande både fra stående start og ved at løbe op ad korte skråninger med stor smidighed, ofte over 1,8 m høje hegn i ét spring; den har ingen problemer med at klare en 4,6 m bred grøft i et enkelt skridt takket være sine kraftige bagben, der lader den accelerere hurtigt fra en stillestående position som alle kattedyr undtagen geparden
Jaguarer er dygtige svømmere og ligger ofte under vandet med kun øjnene og ørerne synlige for at lede efter bytte; de er kendt for at forblive under vandet i op til to minutter ved hjælp af deres store lunger til at lagre ilt, mens de står stille, før de angriber deres intetanende bytte nedefra, når de kommer op til overfladen for at trække vejret.